主要讲述了有自闭倾向、身患“学者症候群”的人，即人格有缺陷仅有小学生程度的青年，如何克服世人的偏见并成长为小儿外科专业医师的故事。施温（周元饰演）在医学方面有超凡天赋，以优秀的成绩从医大毕业并通过国考，也完成了实习，但是后来国家考试院却以施温患有自闭症为由，将他的国考成绩改为不合格。在盛元大学医院崔佑硕院长的积极争取之下，施温必须于六个月内通过医院的鉴定，才能取消不合格的判定，于是开始了小儿外科住院医生的生活。虽然施温的医学知识和诊断能力有目共睹，但在别人眼中他只是一个没有灵魂的机器人医生，大多数同事和病患家长都对他有所偏见而无法信任。金道瀚（朱相昱饰演）是具有丰富临床治疗经验的小儿外科副教授，收到了崔院长的托付来教导施温，然而施温的鲁莽举动总是遭到道瀚的斥责，对施温如弟弟般照顾的女医生允书（文彩元饰演）则是鼓励他并试着去了解他。经过一次次的医疗事件后，施温逐渐克服了他人的偏见，成长为足以让人信赖的医生，爱情也悄悄地来到他的身边……
第16集 道瀚彩京旧情复炽 仁海惊悉手术真相
道瀚经检查只是腹壁受伤，并未伤及内脏，众人松了一口气。嫌犯最终被赵护士制服，可最令人惊讶的是施温第一次对伤害自己的疑犯挥出拳头，他真的蜕变了。彩京赶到病房看望道瀚，她的疼惜让道瀚很是感动，两人以前的恋爱感觉悄然复苏。护士长为赵护士被警告防卫过当打抱不平，赵护士为护士长对自己的关心暗自窃喜。医院即将被收购的消息在医院内传开了，金科长提醒高科长站好队伍，准备再次施展夺权之术，但高科长受到了施温的感化，对权利之事不再热衷，金科长倍感意外。施温外出拿资料，途中遇上彩京，为了答谢施温救了道瀚，彩京送了施温一件昂贵的外套，被允书发现后大吃飞醋，责怪施温和彩京太过亲密。副院长就手术方法和允书谈话，允书得知病童是副院长的儿子，大为震惊，同时副院长对小儿科表现出的不信任，使她不满。施温爸爸从电视中得知施温搏击嫌犯的事，赶去小儿科生事。高科长赶到，支开了施温，劝说施温爸爸不要在工作地方闹事，施温爸爸依旧蛮横无礼。允书劝道瀚不要急于回到医院，多休息两天，道瀚感谢允书一直以来的关心和照顾，还说自己最需要人陪伴的时候，总有允书出现，但他也坦言自己和彩京已经复合。彩京向理事长和院长坦白自己是抽走财团资金的主使，理事长十分痛心，院长则安慰彩京，要她不要自责，因为对理事长而言，彩京才是最重要的，彩京感动流泪。施温为了哄回吃醋的允书，在公园里跳舞，两人度过了一段开心的时光。道瀚在医院截住彩京，带她来到以前经常去的酒吧。自责的彩京一直喝酒，道瀚从旁安慰，两人关系升温。副院长还是质疑小儿科的医疗水平，他提出让道瀚或是允书前往波士顿协助手术，遭到拒绝。施温偷偷去看望爸爸和妈妈，心里对他们不再像以往一般抵触。在走廊里施温遇见副院长，他表达了自己对医院改制的看法，这是变相剥夺小孩子们治疗的机会，在他看来，是残忍和无耻的。仁海得知捐献小肠给自己的是姐姐，心疼不已，她坚决拒绝手术，还跑出了医院。道瀚得知仁海的手术是金科长安排的，要求金科长不要插手小儿科的病人，金科长嘲笑道瀚在这类手术上资历不够，不肯让步。副院长夫人带着儿子俊英偷偷回到韩国，并入住盛元大学医院，俊英希望能在这里接受治疗。施温看到仁海和俊英，觉得自己无能为力，很是沮丧。允书安慰他，告诉施温爱可以让痛苦减少，施温很受启发。允书下班路上遇到仁海，将她带回家中，并和仁英约定第二天送她回去。施温告诉仁英韩医师对她的爱慕很深，仁英听后有些感动。仁海和允书聊天，她注意到允书家中的玫瑰，知道是施温送的，她认为允书对施温有好感，允书尴尬地否认了。当晚，允书回想起和施温相处的点滴，嘴角不由得上扬起来。施温也在医院默默想念着允书。第二天一早，施温来允书家接仁海，突然间仁海口吐鲜血，昏了过去。
第17集 危急仁英病情缓解 俊英终于留院治疗
允书和施温将晕倒的仁海送回医院，检查后发现是急性脓毒症，道瀚决定立刻为仁海做手术。彩京向理事长请求给自己补救的机会，理事长没有拒绝。小儿科的医师们为仁海的事感到很自责，金科长更是责怪道瀚没有照顾好将要手术的病人。道瀚去看望俊英，俊英将自己珍藏的棒球送给道瀚，这一幕被副院长看见。副院长向道瀚透露，自己要让俊英去日本接受治疗，道瀚表示尊重他的决定。施温听允书的话，将外套还给彩京，彩京觉得施温呆呆的样子很可爱。道瀚和院长聊天，院长关心道瀚伤口的恢复情况，道瀚隐瞒了伤口裂开的情况。院长透露财团重组工作困难重重，他担心医院会流失许多优秀医生。施温重遇当年强迫哥哥进矿坑拿弹珠的东九，原来他的儿子患上肿瘤，即将手术。冬九向施温表达歉意，施温还是放不下哥哥的事。允书抽到餐厅的奖券，她约上施温一起去。道瀚带彩京来到他表白的地方找寻回忆，彩京很是感动。允书在吃饭时问起施温有没有向别人透露喜欢自己的事，施温说很少说起，并表示因为自己和别人不同，自己喜欢的人会被别人嘲笑，他不想为允书带来不必要的麻烦，允书听了震惊之余很是心酸。仁英向韩医师表示自己不想做他一辈子的包袱，要韩医师忘掉自己，韩医师拒绝了。道瀚为冬九的儿子柱男准备手术，施温感受到冬九对儿子的爱，决定忘记过去，原谅冬九，他拜托道瀚好好治疗柱男。就在柱男手术的同时，医院收治了一名急救患者，部分肠坏死，亟待手术。施温和高科长初步检查后发现，手术有很大风险，允书得知情况后主动要求去支援。高科长危机时刻决定进行手术，好在最后顺利完成。手术后，道瀚和施温向科长先后表示感谢，连小儿科的其他医师也觉得科长转性了，变得负责与和蔼起来。允书为仁海检查，仁海告诉她施温对她的爱多到让她看不清，允书有所感悟。日圭和高科长一起喝酒，他询问科长给自己考核高分的原因，他知道自己应该是不及格的水平。科长说出自己当年和日圭一样，很努力，但医院是一个充满高手和天才的地方，想当主治医师的日圭的心情，他充分理解，虽然用了错误的方法，可只是想帮他一把。施温下班回家路上，遇到喝醉的科长还有日圭，将他们带回家中照顾。允书妈妈安排她去相亲，她打扮得很淑女，但心里十分不情愿。允书从相亲中逃出来，回到医院。施温见到如此打扮的允书，眼前一亮。允书反复询问施温有没有因为自己去相亲而不开心，施温表面回答没有，其实内心十分失落。俊英和副院长聊天，他打动了父亲，副院长决定让俊英留在小儿科治疗。小儿科和神经外科联合进行俊英的手术。手术过程中，道瀚突然伤口剧烈疼痛，手术室陷入一片混乱之中。
第18集 道瀚坚持反对民营 施温允书终成眷属
道瀚坚持在手术室指导手术，允书和施温临时主刀，手术最终顺利完成。允书为道瀚处理伤口，叮嘱道瀚学会照顾自己。施温赶到父亲病房，得知其病情恶化，所剩时日无多。施温妈妈提出带施温父亲回乡下，免得麻烦施温，施温严厉拒绝了。允书支持施温的想法，称赞他变得成熟了起来，懂得为父母着想。施温和允书向金科长提出由小儿科进行仁海的手术，金科长十分粗鲁地否决了提议。郑会长决定由专务出任理事长，这个想法遭到副院长的强烈反对。一群黑社会成员找到医院，还直呼赵护士作大哥。原来赵护士以前是黑帮首领，可是现在已经金盆洗手，只想和小朋友们在一起。允书告诉俊英他以后不能做棒球运动员了，俊英并没有特别难过，反而告诉父亲自己有了另一个梦想，要成为出色的棒球记者，副院长听了很是欣慰。施温作为胜贤的主治医师，一直尽心尽力，但是胜贤妈妈执意向允书要求更换主治医师，其他家属竭力劝说，胜贤妈妈还是无动于衷。施温很理智地接受了更换申请，但是别人对自己的差别对待还是令他有些伤心。施温带着食物去道瀚家里看望他，嘱咐他按时吃饭，道瀚很感动。韩医师安抚即将手术的仁海，并和仁英短暂交谈。在医院全体会议上，道瀚和金科长就民营化问题激烈争论，大家不欢而散。会后高科长向道瀚表示支持，道瀚第一次对高科长表示出了敬意。允书和道瀚商量仁海手术的事，道瀚表示自己正在想办法帮助仁海。专务告诉高科长自己有意让他担任院长，高科长很是惊讶。施温带妈妈外出吃饭，施温母亲告诉施温自己当时不回去找他是有苦衷的，施温终于对这件事释怀了。道瀚告诉允书，施温已经成熟了，而且就算失去天才的诊断能力，他也能成为一个出色的医生，允书听了终于放心了。施温回家替日圭拿牛肉汤，在自家阳台自言自语，正巧住在楼上的允书也在阳台透气。施温为自己没能为允书做更多的事而难受，他轻轻唱起歌来，允书听后落泪。在俊英的拜托下，道瀚也加入了小儿科节目排演中。这次小儿科要表演的是彼得潘。施温饰演彼得潘，教授则是船长。教授毫无表演经验，排练时错漏百出。排练时施温紧紧抓住允书的手，允书觉得面红耳赤，心跳加速。允书从仁海处得知施温对自己的深情，内心有了很大触动。晚上，允书提出让施温送自己回家，允书在路上向施温表明心迹，她也爱上施温了，两人温暖相拥。
第19集 施温允书顶住压力 仁海手术出现意外
施温送允书回家，他小心翼翼地告诉允书，如果她后悔和一个自闭患者在一起，一定要说出来，允书微笑着没有回答，她下定决心和施温一直走下去。副院长找到道瀚聊天，道瀚表示自己要保障儿童们的未来，并且是没有经过选择的全部儿童的未来，副院长有所触动，决定阻止郑会长民营化医院。院长去见彩京，他说理事长一直很关心她，从来没有责备过彩京，彩京有些感动。道瀚已经找出主刀仁海的理由，决定和金科长进行术前讨论。仁海向韩医师表达了自己对手术的担忧，韩医师告诉了仁英。他知道仁英对手术也很恐惧，握住仁英的手鼓励她。副院长向郑会长提议放弃医院民营化的方案，郑会长严厉拒绝，并警告副院长不要动摇。允书和施温正式交往第一天，施温带允书来到占星馆，两人进行了一次塔罗牌占卜。占卜师指出两人交往并无障碍，但两人的"灵魂之桥"只有一座，两人也不知这会对感情有何影响。施温和允书从占星馆出来，在街上有速拼魔方的竞赛，允书很想要奖品煮蛋器，施温闭着眼十秒就拼出了魔方，两人拿着煮蛋器开心地回家了。允书提出要向大家公开两人正在交往中，施温有些担心允书被人嘲笑，拒绝了这个提议。道瀚参加术前讨论会，他心平气和地反驳了金科长为仁海进行手术的提议，连高科长也出声支持道瀚，金科长无奈妥协了。副院长找到理事长和彩京，提出挽救局面的方法。高科长又一次提出小儿科集体聚餐，这次大家都没有拒绝，科长很是感动。道瀚来到施温父亲病床前，劝他不要为难施温，施温爸爸态度有些软化。小儿科聚会上，允书说出了自己和施温交往的事实，大家都有些惊讶，施温对允书先斩后奏有点不开心。允书告诉施温，自己想光明正大和他交往，她觉得两人在一起很舒服，施温决心要好好照顾允书。医院里的同事们对施温允书在一起的事议论纷纷，施温听到了一些嘲笑允书的言论，有些不开心。允书问道瀚自己和施温在一起，他有什么看法，道瀚说他相信允书的眼光，允书对这份感情更坚定了信心。小儿科节目演出圆满成功，大家都很开心。这时，护士长冲进来报告，有5岁女童的急诊，大家急忙投入工作。院长与理事长在急救室外看见忙碌的小儿科医师们，很是欣慰，自己的身边有着如此出色的医务人员，他们觉得很骄傲。护士长从赵护士那得知了他以前混黑道的往事，发现他已经真心改过，充满了爱心，对他的好感加深了。施温送允书回家，允书要求他等自己睡着后再走，施温再一次凝视允书的睡颜，心里有些悸动。允书好友反对允书和施温的恋情，要她考虑清楚，和自闭患者是没有未来的。到了仁海和仁英手术的日子，韩医师来到仁英病床前，他再次向仁英表明心迹，他要和她在一起，仁英感动落泪，其实她心里早就有了韩医师的位置。仁英部分的手术顺利完成，但仁海出现了内出血的情况。
第20集 仁海痊愈危机解除 医师故事永不终止
经检查仁海患上了腹腔出血症，小儿科医师们无计可施，只能期待病情自行好转，院长和医生们都很为仁海担心。施温去看望父亲，告诉他自己会为失去他而难过，施温爸爸为自己的行为羞愧不已。副院长指导彩京向银行申请贷款，缓解财团经济危机，彩京感激于副院长的帮助。施温和赵护士坦白允书因为和自己在一起被人嘲笑的事，施温很为允书心疼。允书好友要允书周末带施温出席朋友聚会，允书欣然同意。可是，当允书询问施温时，他却拒绝出席，其实他是害怕自己给允书丢脸。允书虽然很失望，但还是尊重施温的决定。道瀚带彩京来到教堂，他们一起为仁海祈祷。专务给了高科长一份名单，上面全是医院内失职无用的医生名字，高科长瞒着专务将名单转交给了院长，他想为保全医院出一分自己的力。副院长向郑会长摊牌，要他放弃民营计划，并表示就算自己要接受法律制裁也在所不惜。仁海的情况仍然不容乐观，所有医师们都捏了一把汗，施温更是梦见仁海与自己告别，好在第二天仁海苏醒了过来，出血神奇般地停止了。另一个好消息传来，银行及时注资，医院的收购危机解除，院长和道瀚都向副院长表示了感谢，副院长说自己没做什么，感动自己的是小儿科人身上那种精神，他们都是爱护孩子的天使。施温爸爸和妈妈决定一起回乡下，不再打扰施温和院长，施温很是不舍，他终于感受到了来自父母的爱。允书亲耳听见背后议论自己和施温的人谈话，将他们狠狠教训了一顿，这全过程正好被施温看见，他却没有出面，允书对他的自卑很生气。允书独自去爬山，中途遇上以前为她和施温占卜的占星师，她腿擦伤了，允书为她作了简单处理。占星师坦白自己以前的占卜是假的，施温和允书的爱情运并没有禁忌，允书很开心。一天晚上，道瀚和彩京在家，道瀚突然拿出戒指向彩京求婚，彩京激动之余立刻答应。施温终于跟允书去了朋友聚会，本来担心施温和朋友们无法正常相处，结果大家都很喜欢施温的单纯可爱。不知不觉间，施温已经来小儿科三个月了，高科长和道瀚拿出施温的考核表，正式宣布他成为一名合格的小儿科医师。院长也终于收到施温医生考试不合格判定取消的证书。道瀚带施温来到手术室前，鼓励他继续努力，做一名出色的小儿医师，此时，施温接到妈妈电话，施温爸爸去世了，施温很难过，但还是接受了。日子一天天过去，施温也逐渐成长为医生前辈，小儿科又进来了新人，施温就像道瀚一样，提携着后辈，延续着小儿科的故事。一天，施温在手术室问道瀚，什么样的医师是好医师，道瀚没有明确回答，但其实答案早就在每个小儿科医师的心中了。他们是救死扶伤的天使，他们继续着Good Doctor 的故事。
